IUIS, IPD-MHC Database

 

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El Comité de Inmunología Veterinaria (VIC) de IUIS se compromete a promover el acceso abierto a bases de datos y herramientas de análisis. Recientemente apoyamos la base de datos IPD-MHC, que sigue proporcionando un recurso abierto, orientado a la comunidad y curado manualmente para el estudio de MHC.

El principal complejo de histocompatibilidad (MHC) es una región muy variable de todos los genomas de vertebrados que codifican genes que dictan cómo el sistema inmunitario de un individuo responde al desafío. Por lo tanto, una mayor comprensión de esta diversidad para permitirnos mejorar el resultado de la enfermedad requiere bases de datos y herramientas a medida.

La base de datos IPD-MHC es el repositorio de referencia de genes MHC no humanos e incluye las principales especies animales cultivadas (bovinos, ovinos, caprinos, pollos, cerdos, truchas y salmón), así como compañeros (perro, caballo) y médicos (ratas, primates no humanos). Junto con la recopilación y el análisis de los genes MHC, la base de datos IPD-MHC actúa como el repositorio oficial de la nomenclatura no humana MHC, comisariada manualmente por expertos en el campo y supervisada por el Comité de Nomenclatura de MHC.

En 2015, la base de datos IPD-MHC recibió una subvención del Consejo de Investigación en Biotecnología y Ciencias Biológicas (BBSRC) del Reino Unido para apoyar su actualización y desarrollo futuro para ayudar a adaptarse a los avances en la tecnología de secuenciación y el crecimiento en inmunología comparativa. Como resultado, la base de datos fue rediseñada para permitir la recopilación y comparación de secuencias genómicas y no genómicas y proporcionar herramientas para la comparación entre e intraespecie de la variación del alelo. Esta funcionalidad mejorada ha requerido un nuevo nivel de estandarización en la nomenclatura MHC entre especies y grupos taxonómicos para permitir una comparación inequívoca entre las especies e intraespecíficas de alelos. Tras el apoyo del IUIS-VIC, se introdujo un conjunto centralizado de herramientas para ayudar a los curadores de todo el mundo a anotar y nombrar secuencias MHC de un conjunto de diversos organismos, al mismo tiempo que proporcionaba un marco para la preparación y la expansión del proyecto.

La base de datos IPD-MHC está generando un interés renovado, tanto en el tráfico de bases de datos como en la creciente cantidad de datos enviados. Desde su actualización en 2016, el número de visitas al año se ha duplicado a más de 200.000. Esto es particularmente cierto para el ganado y las especies cultivadas, donde el número de secuencias presentadas y alelos seleccionados también se ha más que duplicado.

 

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